ปี 2553 เทศบาลนครนนทบุรีได้เล็งเห็นถึงการพัฒนาเยาวชนให้เต็มตามศักยภาพจึงได้ริเริ่ม ให้มีโครงการกีฬาสู่ความเป็นเลิศ จัดให้มีการเก็บตัวฝึกซ้อมนักเรียนเพื่อเป็นนักกีฬาตามโครงการตลอดทั้งปี โดยความรับผิดชอบของศูนย์เยาวชนเฉลิมพระเกียรติ หลังจากโครงการประสบผลสำเร็จ มีชื่อเสียงจากกีฬาวอลเลย์บอลหญิง และฟุตซอล จำนวนนักกีฬาก็ได้เพิ่มมากขึ้น เทศบาลนครนนทบุรี โดยนายสมนึก ธนเดชากุล ได้อนุมัติให้จัดตั้งโรงเรียนขึ้นในปี 2554 โดยใช้พื้นที่ของศูนย์เยาวชนเฉลิมพระเกียรติ ซึ่งเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 6 ชั้น มีพื้นที่ใช้สอยประมาณ 4,100 ตร.ม. สร้างจากเงินงบประมาณทั้งสิ้น 48,000,000 บาท

ในปีการศึกษา 2554 มีนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียนทั้งสิ้น 250 คน เปิดสอน 7 ชนิดกีฬา ได้แก่ กีฬาฟุตบอล กีฬาฟุตซอล กีฬาวอลเลย์บอลชาย กีฬาวอลเลย์บอลหญิง กีฬาเซปักตะกร้อ กีฬาเรือพายและกีฬากรีฑา โรงเรียนกีฬานครนนท์วิทยา 6 ได้จัดการเรียนการสอนในวิชาสามัญโดยส่งนักเรียนของโรงเรียนเข้าเรียนร่วมกับโรงเรียนนครนนท์วิทยา ๔ วัดบางแพรกเหนือ และในปี 2556 โรงเรียนกีฬานครนนท์วิทยา 6 ได้เปิดสอนกีฬาเปตอง เพิ่มอีกหนึ่งชนิดกีฬา ปัจจุบันโรงเรียนกีฬานครนนท์วิทยา 6 มีนักเรียนประมาณ 430 คน